该片讲述忍者神龟四兄弟远离人类世界多年之后,决定主动出击,希望能够靠着他们的英勇事迹赢得纽约客的心,并且获得他们的接纳,成为正常的青少年。他们的新朋友艾波欧尼尔也协助他们试图扳倒一个神秘的犯罪集团,但是当对方派出一支变种军团,他们很快就发现他们根本就是自不量力……宫城良田、三井寿、流川枫、樱木花道和赤木刚宪终于站在全国大赛的赛场,代表湘北高中与日本最强球队山王工业展开激烈对决。面对强大的对手,湘北五人组没有退缩,在安西教练的指导下,他们抱着破釜沉舟的决心热血奋战,究竟湘北能否取得比赛的最终胜利?